Dompet Dhuafa menyadari pentingnya penerapan hukum-hukum Islam dalam segala bentuk kegiatan organisasi, oleh karena itu dalam rangka menjaga agar Dompet Dhuafa sesuai dengan nilai-nilai Islam, maka dalam struktur lembaga terdapat Dewan Syariah sebagai pengawas dalam berjalannya kegiatan Dompet Dhuafa.